マルチプレクシングとは、共有媒質上で複数のアナログメッセージ信号を一つのデジタル信号にまとめ上げるプロセスを意味します。渦流アレイデータのマルチプレクシングでは、時間をずらしながら個々の渦電流コイルを励磁します。これによって、プローブ内のすべてのコイルが励磁されますが、どの二つの隣接するコイルも同時に励磁されることはありません。具体的には、内蔵するマルチプレクシングシステムを利用して個々のコイルの励磁を注意深くプログラミングすることにより、渦電流信号送出のタイミングを厳密にコントロールします。これにより、相互インダクタンス(隣接するコイル間の磁気的カップリング)と呼ばれる好ましくない効果を最小限に抑えることが可能になります。これらの信号を再構築することにより、結果を画像として表示します。マルチプレクシングデータから画像を構成する高度な機能に加えて、個々のコイル(データ)チャンネルごとにデータを事後解析できることも大きな利点です。マルチプレクシングを行うことにより、チャンネル解像度の向上、コイル感度の向上(相互インダクタンスの低下による)、ノイズレベル低減などの効果が得られます。これらの効果があいまって、信号のSN比が改善されます。